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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已界面显示出丰富的生物技术催化活性，比如抗淋巴肿瘤和身体毒角色。一般来说，三萜是顺利通过甲羟戊酸渠道分解的，并从非天然动植物和真菌感染中提现。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上说出了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的钻研职称论文。该钻研出现三萜类类化合物虫草酸（GA）是凭借液状体培训的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生物学体转化成出现的。进行转录组和核血清组学技能进步骤挑战无柄野生野生灵芝菌丝体中DHT出现三种野生野生灵芝酸（GA）的策略，并依照多个学技能查测到的差别的dna和差别的核血清，推算DHT 生物学体分解 GA 的经由。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和实用功能等级分类

在对无柄野生灵芝白色念珠菌菌丝体对其进行转录组测序共得出67230个转录本和14295个单dna。在这个单dna中，49俩个被技术鉴定为差别的表现方法方式dna（DEGs），在当中213个表现方法方式上涨，279个表现方法方式上涨（图1A）。GO含有解析后，DEGs为怪物步骤（BP）、血神经元材质（CC）和大分子实用功能（MF）3类。在BP行业类型中，冒出了前三种子行业类型：四环素溶解分泌步骤，醋酸钠盐分泌步骤和甲酸盐分泌步骤;而在CC行业类型中，血神经元外区、突触结合体、突触型式是前三种亚类。谈谈MF行业类型，甲酸脱氢酶（NAD）亲水性酶类、脱色呈现酶亲水性酶类和酸氨（或酰胺）无线连接酶亲水性酶类是前三种亚行业类型（图1B）。在DEGs的KEGG环路解析中，前30条含有度极限的环路中含27条都属于分泌，在当中二氧化氮分泌、乙醛酸盐和二羧酸盐分泌、丙酸盐分泌电磁波环路有明显含有（图1D）。

图1|转录多组分析和功能表划分

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

顺利能够对无柄虫草细菌菌丝体认定核核淀粉酶组学解析，一共认定了16,457种现代感肽、2606种核核淀粉酶和2588种参考值核核淀粉酶。在域值|FC|>1.2和p<0.05的筛分情况下，在这儿2606种核核淀粉酶中，94种被鉴别为之间的关系性展示核核淀粉酶（DEPs），里面52种上涨，42种下跌（图2A），图2C体现了之间的关系性展示核核淀粉酶的聚类讲解解析热图。从GO解析看，BP类体现，基本上数DEPs参与性乙酸盐基础分泌具体步骤、消炎药分解掉成基础分泌具体步骤和口服药分解掉成基础分泌具体步骤。CC类DEPs在癌体细胞核膜外区、过被腐蚀物质酶体和微体中比重更高，被腐蚀保存酶吸附性和甲酸脱氢酶（NAD）吸附性在MF类中DEPs的比重更高（图2B）。与转录组报告单形似，KEGG表现径路解析体现，越来越多DEPs在基础分泌中丰度，里面3条最丰度的路线是光合生物学技术中的碳统一、碳基础分泌和MAPK表现表现径路（图2D）。凡此种种，顺利能够解析GO数值库的CC对DEPs认定亚癌体细胞核膜确定解析和标注（图2E），DEPs重点是分布不均在癌体细胞核膜质（40.66%）、癌体细胞核膜膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论知识上是GAs生物学技术合成视频的重点是区域。

图2|淀粉酶质组的降钙素原检测具体分析和的功能查验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为食物应用和照表组备选DEGs和DEPs加工制作了维恩图，有20个间的关系展示遗传人类基因组（图3A）。对转录组和淀粉酶质组中E组和C组现有的DEGs/DEPs做出聚类算法浅析一下，发觉mRNA和淀粉酶质间有15-7个调整遗传人类基因组和5-7个再降遗传人类基因组，DEGs两者译成的DEPs展示横向呈正想关，应用场景Pearson的想关数值浅析一下，在转录组和淀粉酶质组间在线检测到相应较高的想关性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检侧数据提示，E组和C组1多个DEGs的抒发平行文化差异为显著，在其中9个为上涨DEGs，多个为调低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的抒发发展与转录成分析数据相一致。

图3|血清质组的降钙素原检测浅析和效果校验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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